Кристаллы Элементов являются жизненной силой планеты. Они заставляют ветер дуть, вызывают волны на морях, заставляют огонь гореть и наполняют землю жизнью. Все казалось идеальным в этом мире, до тех пор, пока ветер не перестал дуть, в морях наступил штиль, огонь начал давать меньше тепла, а земля сохнуть. Король Тикуна, учуяв приближения большого зла, в спешке отправился проверить Кристалл Ветра. Единственное, что он увидел – его самоуничтожение.

В это время молодой путешественник по имени Батз отдыхал в поле и стал свидетелем падения гигантского метеорита. Когда он отправился его изучить, то нашел только молодую девушку Ленн, которая является принцессой Тикуна и старого человека по имени Галуф, выполняющего очень важную миссию. В итоге эта компания вместе с капитаном пиратов Фарисом, который присоединится к группе немного позже, отправляются на поиски уничтожителя Кристаллов, чтобы спасти планету от гибели.

В Final Fantasy V было внесено множество улучшений игрового процесса по сравнению с предыдущими играми серии. В ней присутствует улучшенная система профессий и умений, продвинутая система ATB пошаговых сражений и множество других классических признаков культовой серии Final Fantasy.